常に検証可能なデータを求める文化に向かって

昨日のブログに続き、27行政区で集計された日ごと感染確認者数の週間移動平均推移の日差を地図に描いてみた。

東京を基準にした場合、域縄が3日ほど早く感染が進んでいる（島根を除く）。それ以外の地域では東京と同時か感染推移は遅れを示ししている。

日本の感染は、沖縄、東京、大阪、福岡から始まったように見え、隣接地域毎に似かよった傾向が見られる。

昨日のブログで云ったようにわずか2週間余りで全国に蔓延したことが分かる。

ウィルスの疫学的な感染力と、日本国内の経済活動、交通など人的交流の主要原因からの要素が大きいと見られ、その分析が望まれる。

日本ではCOVID-19の感染者確認は47行政区(都道府県）でそれぞれ集計され、厚生労働省に報告される。これを厚労省はオープンデータとして日毎に公表するとともに2000年当初からの全データをCSVファイルでダウンロード可能なデータべーである。

今回はそれについて分析してみた。各行政区は居住人口が異なるのでそれを標準化するために、それぞれの行政区ごとの2022年6月1日から10月13日までの期間（BA.5）の陽性者の平均値に対する週移動平均の比を「感染確認者指数」として用いた。この期間には期夏季休暇（お盆休み）があり、統計的異常、医療機関の業務縮小や行政の集計事務などの遅れから感染確認者数の落ち込みが見られ、それの取戻しと見られる8月後半の感染確認者増が見られた。

下のグラフはぞれの地域の感染確認者指数を重ねて示したものである。驚くほどに地域依存性が少なく均一であることが分かる。

全国の集計値と東京の感染確認者指数を比べてみたのが下のグラフである。このように日本の感染拡大はほぼ全国同期して起こっていることが分かる。

この関係をはっきりさせるために、東京の感染者指数系列に対する各行政区の感染指数系列との日移動相互相関係数関数を計算した。方法はエクセルのCORREL関数を用い　CORREL(東京の日固定配列、それぞれの地域の配列の前後2週間日移動配列）日差相関関数を求めた。

下のグラフ左は東京の日ずらし自己相関係数の日差との関係を表したもので、右は東京と各地域の相互相関係数の最大日を重ねて描いたものである。

得られた各地域の最大相関係数の順位グラフと、最大日の日差の小さい方からの順位を下のグラフに示す。

下の組みグラフは、相関係数の大きい方からの順位で分けて感染指数推移の特徴をみたものである。

特長は、東京との相関が強い地域では7月後半から8月休暇前に感染が増加しているのに対し、相関が悪くなるにしたがい休暇後の感染確認者が増加していることである。

相関係数と日差の計算結果を下表に示した

この表では、感染日が東京より早く発生したのは沖縄と島根の2地域だけであるが、島根については全国との相関係数が低く（0.8以下）確定的に云うことはできないかもしれない。

感染経過曲線は日本全国で2週間程度のずれで同時進行しているが、強いて見れば東京や人口の多い都市地域及び九州の一部地域から伝搬が広がったように見える。

もし、オミクロンA.5株が海外からの侵入で空港のある大都市近郊から始まったとすると、わずか2週間ほどで日本全体に蔓延したことになる。東京、大阪などの人的交流の激しい経済圏での同時感染は考えられなくもないが、こんなに早く全国に感染が行渡るものであろうか？

いずれにしても、オミクロンA.5と推定される感染力の強さと、日本各地の人的交流の大きさが実感される結果ではある。

COVID\19 感染者確認方法は一貫して統一された根拠による収集方法で行われてきました。その基本は「発熱等自覚症状」により医療機関で診療を受けた全員のPCR検査を義務化し、陽性者が検出された場合、医療機関には居住地の保健所に届け出義務を課し、保健所は陽性者と社会的密接関係者を一定基準で指定してPCR検査を実行した。この結果無発症の感染者の発見と発症確認者が共に把握されてきた。これを厚生労働省は「全数把握」と規定していたのであろうか。

厚生労働省は全数把握の簡略化にあわせて2022年9月27日から都道府県のデータを一括して公表することになりました。「検疫」で新たに確認された感染者数は、空港や港がある都道府県のデータに含めて発表されることになりました。（2022年9月28日）

その結果は、やはり、厚生労働省の感染者集計の変更によりデータの連続性が失われたと見られないだろうか？

下のグラフでその様子を示す。灰色の背景塗つぶし部分が変更後である。集計移行後数日後から変化が見られないだろうか。

赤色とオレンジ曲線は、初期予測のデータ系列区間（オレンジ塗りつぶし）の最終日、7月12日に推定した感染者将来予測の最大限界値（赤線）と最低予測値（オレンジ色）である。

COVID-19 日本のオミクロン　BA.5 と云われる感染爆発の予測

2022/07/15

この結果を、偶然だと云われっればそれまでだが、実際の感染確認者数の推移は最低限界予測に近い変化を示したことが分かる。黒色の曲線はお盆長期休暇の影響を修正した8月21日にそのデータ系列で予測した推定予測曲線である。

これまで続けた感染予測はここで終了せざるを得ない。

東京都だけについてCOVID-19感染確認者数の日ごと推移と変異ウィルスの感染状況の推定をした。

方法は、以前にこのブログで発表した全国テータについてと同じ指数近似による。感染確認者数は厚労省のオープンデータから計算した7日移動平均で示した。

各変異株と見られるそれぞれの感染数上昇と収束の推定値を、発生からの経過日数で重ねて示したのが下のグラフである。BA.1とBA.5が強い感染であったことが分かる。

各変異株の推定基本的定数を下表に示した。

下の画像コピーは、日本のゲノムの変遷の一部様子を示した例であるが、残念ながらそれと対照できるかどうかを含め、私には困難である。いずれにしてもそれぞれの変異株には寿命がありこれが収束の主原因であると云えよう。

COVID-19感染は何回も感染爆発と収束を繰り返していることははっきりしている。下の様な収束を説明できない予測は無意味であろう。

Former Prime Minister Shinzo Abe’s state funeral, which divided the feelings of the citizens of Japan in two.

Police officers try to prevent violent conflict between protesters gathered in Tokyo and people offering wreaths.

They don’t wear menacing armament or defensive equipment, and they show their bare hands to guide the group.

Not a single person was injured or there was any disruption or damage to public facilities.

Of course, there were no arrests by government officials.

I borrowed some of the footage from https://moment.nikkan-gendai.com/news/54299.

Is there an example in the world of such a mature, large-scale mass movement?

日本の市民の思いをを2分した安倍元首相の国葬は無事に終わった。東京都に集まったデモ隊とそれと対照的な献花のための人々、相反する大規模集団の間での暴力的抗争にならない様誘導する警察官、威嚇的な武装や防御機具も着けていない、素手を見せての集団誘導。一人の負傷者も公共の施設の混乱や損傷もない。もちろん官憲による逮捕者も出なかった。

https://moment.nikkan-gendai.com/news/54299　　の映像の一部を拝借しました。

こんな成熟した大規模な大衆運動、世界に例があるだろうか？　

BA.5の感染者数の推移。統計的には指数関数近似によく一致して終わりました。疫学的評価は分かりませんが予想以上の結果でした。

厚労省の感染者集計の方式が変わることで統計の継続性が絶たれます。

感染者集計の基準が変わる。ここらでこのシリーズは終わりにすべきではなかろうか！

今日から日本のCOVID-19感染者確認統計の集計根拠が変わる。

日本方式：　現実的に可能な統計的に根拠のある感染者集計はこれしかないだろう。その証拠ともいえるグラフを示す。

今までは、発熱や自覚発症者など医療機関を受信した人のPCR検査を行い、陽性者を法定伝染病感染者として医療機関の届け出義務とし、居住者の保健所はそれに基づき陽性者とその密接関係者全員のPCR検査実施、厚労省はその日毎の陽性者集計数を発表してきた。一般市民の自発的PCR検査は認めてこなかった。

この方式を悪く言う専門家や、有識者、欧米崇拝者、商業メディア等が目に付いた。

しかし、例えば、国民全員を毎週強制的に検査をする、強権政治国家でもこんなことは不可能だろう。実行可能な感染者全員の社会的集計方法はない。自由にPCR検査して陽性が見つかってもその集計が統一的に行われなければ統計上の母集団とはならない。また、自由検査では陰性ならば1度だけでやめる人も、毎週とは言わないでも感染が気になる行動後には何度でも検査する人もいるだろう。

下のグラフは、現在までの日本の感染確認者数と、その時系列から求めた実行再生産者数の減衰率による指数近似感染曲線を重ねて示したものである。データはNHKの日ごと集計値を用いた。

これらを見て、日本の感染者推移の集計方式が統計的一貫性を持っていたことが分かろう。細かく見れば、第3次では乖離が見られるが年末年始の検査集計異常とも見られる。

第6次、７次ともいわれる感染については、

このように、統計的分析に耐える感染者数計方式が以後断絶する恐れを心配する。

今回は独断的ともいえる強硬な意見を書いてみました。どうか反論や理論の間違いの指摘などコメントを頂ければ幸いです。